Легенда о возникновении этого блюда рассказывает об альпийских пастухах, которые надолго уходили в горы со стадами и брали с собой незатейливый набор продуктов, состоящий из хлеба, вина и сыра. Со временем хлеб черствел, а сыр засыхал, и пастухи переплавляли на огне остатки затвердевшего сыра с вином и макали в горячую смесь кусочки черствого хлеба. Результат превзошел ожидания, и из горных хижин фондю со временем переместилось в усадьбы, рестораны и в обычные дома.
По другой версии, фондю появилось в 18 веке в кантоне Невшатель. Произошло это благодаря сообразительным крестьянкам, собиравшим «по сусекам» и растапливающим засохшие кусочки разных сортов сыров в общем котле.